Bonjour Benoit, bonne année !
À propos de molécules : il y a le paquet debian "chemical-structures" :
http://packages.debian.org/fr/sid/chemical-structures qui doit s'installer sous Ubuntu aussi.
Je l'ai installé entre autres sur le serveur de notre lycée :
https://pedago.lyceejeanbart.fr/chemical-structures/formula_index_fr.html
Comme c'est du standard et que ça vient avec quelques 500 molécules prédéfinies, je pense que le mieux est de prototyper un module qui va chercher les molécules en calculant l'URL de la molécule automatiquement.
hmmm... serait-ce raisonnable d'ajouter le paquet chemical-structures aus dépendances d'un service wims standard ? Dans un tel cas, on pourrait réaliser un script slib offrant les molécules au format .CML (directement miscible en toutes proprotions avec Jmol
)