Une fois que vous avez un fichier décrivant la molécule, je peux vous aider.

Si je comprends bien ce que tu veux faire c est un exo du type:

"Sur la molécule suivante sélectionnez les atomes formant le groupement méthyle "
(ou carbonyle ou je ne sais quoi d'autre.)

C'est faisable puisque dans le type de réponse jmolclick on est pas obligé de donner la réponse sous la forme d'un numéro d'atome mais plus généralement sous la forme d'une sélection d'atomes (appelé atom expression dans la doc jmol).

La sélection d'atomes la plus simple est basée sur le numéro des atomes et est du type :
atomno=5

Mais je pense que c'est inutilisable ici.
Il y a des sélections d'atomes basées sur la connectivité et/ou sur la nature des atomes.

Exemple:
connected(3,hydrogen)

signifie "tous les atomes connectés exactement à 3 atomes d’hydrogène (ils peuvent
être connectés en plus à d’autres types d’atomes)"


Si on combine ca (avec un ET logique) avec le fait que ca soit un carbone on obtient une expression correspondant à tous les carbones des groupements méthyle:

(carbon) and connected(3,hydrogen)

Si on veut aussi les atomes d'hydrogène, ca se complique:

((carbon) AND connected(3,hydrogen)) OR ((hydrogen) AND connected((carbon) AND connected(3,hydrogen)))

qui peut se lire : "le carbone du méthyle ou bien les hydrogenes qui sont connectés à un carbone méthyle"

Un aperçu de ces atom expressions est donné sur un des posters que j avais présentés à Bordeaux.
http://australe.upmc.fr/access/content/user/noely/WIMS/jmol.pdf

Il y a aussi celui sur le type de réponse jmolclick:
http://australe.upmc.fr/access/content/user/noely/WIMS/jmolclick.pdf

Dites moi ce que vous en pensez.

Yves